天然蜂蜜中含有多种酸，其间主要是葡萄酸和柠檬酸，此外还有醋酸、丁酸、苹果酸和琥珀酸等。蜂蜜中的酸类赋予蜂蜜在味道上的复杂性，由于蜂蜜中含有高浓度的果糖，甜度掩盖了酸味。由于有些开花植物(尤其是秋季)泌出的蜜自身酸度极高，所以蜜蜂酿出的蜜食用时酸感就较显着，但天然酸和发酵蜕变的酸有很大的差异，蜕变的蜂蜜有酒味，正常的则没有。
有些蜜友缺少对蜂蜜特点的了解，认为蜂蜜只要甜腻的口感，觉得带有酸或苦的便是问题蜂蜜。专业的养蜂人每挑选一处放蜂的场所，都会先调查周遭的蜜源散布状况，看看方圆几百里是否存在有毒蜜源，直到确认环境合适放蜂才安营扎寨。
没有原封不动的蜂蜜，天然的蜂蜜都是跟着气温的改变而改变，即使是本就不结晶的蜂蜜(像龙眼蜜、九龙藤蜜还有零度以下才结晶的洋槐蜜)在低温时也会越来越稠。蜂蜜的口感亦也跟着蜜源植物的不同而各异，像秋季的猫爪树和泡泡藤山花蜜酸感就比较显着，九龙藤蜜则有苦感。
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